No início de janeiro, a primeira sequência do genoma do SARS-CoV-2 – o vírus que causa o COVID-19 – foi lançada com o apelido de “Wuhan-1”.
Essa sequência de 30.000 letras (A, T, C e Gs do código genético) marcou o primeiro dia na corrida para entender a genética desse coronavírus recém-descoberto.
Agora, outros 100.000 genomas de coronavírus amostrados de pacientes COVID-19 em mais de 100 países se juntaram ao Wuhan-1. Geneticistas de todo o mundo estão explorando os dados em busca de respostas.
De onde veio o SARS-CoV-2? Quando começou a infectar humanos? Como o vírus está sofrendo mutação – e isso importa? A genômica do SARS-CoV-2, assim como o próprio vírus, cresceu e se tornou global.
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O termo ‘mutação’ tende a evocar imagens de novos vírus perigosos com habilidades aprimoradas que varrem o planeta.
E embora as mutações surjam constantemente e às vezes variem – as primeiras mutações no SARS-CoV-2 percorreram o mundo à medida que o vírus se espalhava quase despercebido – as mutações são uma parte perfeitamente natural de qualquer organismo, incluindo os vírus.
A grande maioria não tem impacto na capacidade do vírus de transmitir ou causar doenças.
Uma mutação significa apenas uma diferença; uma mudança de letra no genoma.
Enquanto a população de SARS-CoV-2 era geneticamente essencialmente invariável quando saltou para seu primeiro hospedeiro humano no final de 2019, mais de 13.000 dessas alterações são agora encontradas em 100.000 SARS-CoV-2 sequenciados até o momento.
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No entanto, quaisquer dois vírus de quaisquer dois pacientes em qualquer lugar do mundo diferem em média em apenas dez letras.
Esta é uma pequena fração do total de 30.000 caracteres no código genético do vírus e significa que todo o SARS-CoV-2 em circulação pode ser considerado parte de uma única linhagem clonal.
Mudando lentamente
Levará algum tempo para que o vírus adquira diversidade genética substancial.
O SARS-CoV-2 sofre mutação bastante lenta para um vírus, com qualquer linhagem adquirindo algumas alterações a cada mês; duas a seis vezes menor do que o número de mutações adquiridas pelos vírus influenza no mesmo período.
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Ainda assim, as mutações são o alicerce sobre o qual a seleção natural pode atuar. Mais comumente, as mutações tornam um vírus não funcional ou não têm qualquer efeito.
No entanto, existe o potencial de mutações para afetar a transmissibilidade do SARS-CoV-2 em seus novos hospedeiros humanos.
Como resultado, tem havido intensos esforços para determinar quais, se houver, das mutações identificáveis desde que o primeiro genoma do SARS-CoV-2 foi sequenciado em Wuhan podem alterar significativamente a função viral.
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Uma mutação infame neste contexto é uma alteração de aminoácido na proteína spike SARS-CoV-2, a proteína que dá aos coronavírus suas projeções características em forma de coroa e permite que se fixem às células hospedeiras.
Esta mudança de caráter único no genoma viral – denominado D614G – demonstrou aumentar a infecção do vírus em células cultivadas em laboratório, embora sem impacto mensurável na gravidade da doença.
Embora essa mutação também seja quase sistematicamente encontrada com três outras mutações, todas as quatro agora são encontradas em cerca de 80% do SARS-CoV-2 sequenciado, tornando-o o conjunto mais frequente de mutações em circulação.
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O desafio com o D614G, assim como com outras mutações, é descobrir se elas aumentaram em frequência por estarem presentes em vírus responsáveis pela disseminação de surtos iniciais bem-sucedidos ou se realmente conferem uma vantagem a seus portadores.
Enquanto a genômica trabalha em um conjunto de dados do Reino Unido sugere um papel sutil do D614G no aumento da taxa de crescimento das linhagens que o carregam, nosso próprio trabalho não encontrou nenhum impacto mensurável na transmissão.
Simplesmente carregado
D614G não é a única mutação encontrada em alta frequência. Uma sequência de três mutações na casca da proteína do SARS-CoV-2 também está aparecendo cada vez mais nos dados de sequenciamento e agora é encontrada em um terço dos vírus.
Uma única mudança na posição 57 da proteína Orf3a, uma região imunogênica conhecida, ocorre em um quarto.
Outras mutações existem na proteína do pico, enquanto uma miríade de outras parecem induzidas pela atividade de nossa própria resposta imunológica. Ao mesmo tempo, não há consenso de que estes, ou quaisquer outros, estão alterando significativamente a transmissibilidade ou virulência do vírus.
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A maioria das mutações é simplesmente carregada enquanto o SARS-CoV-2 continua a se espalhar com sucesso.
Mas as substituições não são as únicas pequenas edições que podem afetar o SARS-CoV-2. Deleções nos genes acessórios SARS-CoV-2 Orf7b / Orf8 demonstraram reduzir a virulência do SARS-CoV-2, potencialmente provocando infecções mais leves em pacientes.
Uma deleção semelhante pode ter se comportado da mesma maneira no SARS-CoV-1, o coronavírus relacionado responsável pelo surto de SARS em 2002-04.
A progressão para um SARS-CoV-2 menos virulento seria uma notícia bem-vinda, embora as deleções no Orf8 estejam presentes desde os primeiros dias da pandemia e não pareçam estar aumentando em frequência.
Embora mudanças adaptativas ainda possam ocorrer, todos os dados disponíveis neste estágio sugerem que estamos enfrentando o mesmo vírus desde o início da pandemia.
Chris Whitty, diretor médico da Inglaterra, estava certo ao despejar água fria sobre a ideia de que o vírus se transformou em algo mais brando do que aquele que levou o Reino Unido a impor um bloqueio em março.
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Possíveis reduções na gravidade dos sintomas observadas durante o verão são provavelmente o resultado de pessoas mais jovens sendo infectadas, medidas de contenção (como distanciamento social) e tratamento melhorado, em vez de mudanças no próprio vírus.
No entanto, embora o SARS-CoV-2 não tenha mudado significativamente até o momento, continuamos a expandir nossas ferramentas para rastrear e rastrear sua evolução, prontos para acompanhar o ritmo. 
Lucy van Dorp , pesquisador sênior, Microbial Genomics, UCL.
Traduzido e adaptado por equipe Saibamais
Fonte: ScienceAlert
